在高等学校的长期发展过程中，高校科技工作经历了曲折和充满争论的历史过程。人们对高校科技工作重要性的认识也是有一个逐步提高和加深的过程。高校科技能发展到今天的地位，与国家和教育职能部门的重视，与高校广大科技人员的努力等等是分不开的。本节将围绕高校科技在现代高等教育中地位的变化过程，说明形成高校科技在现代高等教育中重要地位的历史必然性。
旧中国高等教育极为落后。 1949 年，全国仅有 205 所高校， 1.6 万名教师， 11.7 万在校生，只有很少的大学及教师开展科学研究工作，组织程度也很低。新中国成立后，百业待兴，当时高等教育的首要任务是改革旧的教育制度、内容和方法，为国家培养急需的建设人才。高等学校经短时间接管、恢复、整顿，迈入了较快发展时期，但科研工作还处于准备酝酿阶段。
建国初期，我国基本上仿照当时苏联的高等教育和科学技术体制模式，对高等学校进行一系列重大调整，同时建设了一批独立科研构构。科技工作重心是与企业、高校分离的。高等学校因忙于结构调整和为国家培养急缺人才，以及体制上的原因，科研工作尚未提上重要议事日程，没有放到国家科技体系应有位置。
关于高校的科研工作与高等教育的关系问题在建国初期一直处于争论或逐步提高认识的过程中。当时社会上和高等学校内部对高校开展科研存在不同看法。科学研究是不是高等学校的一个任务，有两种不同理解：一种意见认为高等学校只有一个任务，就是培养干部，科学研究只是培养干部的一个方法，不是任务；另一种意见认为科学研究既是高等学校培养干部的一个方法，同时也是一个任务，不仅是为了提高培养干部的质量，而且必须在解决国家科学技术问题、发展国家科学技术方面承担任务。
尽管当时社会上和高校内部对高校科研工作还没有足够的重视和比较统一的认识，但是关于高校的科研工作与高等教育的关系问题却始终受到国家和教育部门的关注之中。
早在 1950 年 7 月 17 日，教育部《第一次全国高等教育会议的报告》中就提出：“我们的高等学校必须进行系统的基本的科学理论知识的教育，必须进行科学研究工作，不断提高教师和学生的水平，以便掌握现代科学和技术的最新成就。” 1953 年 7 月 15 日，高教部部长马叙伦在全国高等工业学校行政会议上提出：要“在加强教学工作的基础上，密切结合教学逐步开展科学研究。” 同年 9 月 10 日高教部召开的全国综合大学会议上，他在《关于综合大学的方针和任务的报告》中又说：“综合大学虽主要是一个教育机构，但同时也是一个研究机构，教学与研究工作相互为用，相互提高的”；“综合大学是国家文化和科学发展的一个重要标志。”会议根据“整顿巩固、重点发展、提高质量、稳步前进”的工作方针提出的教学改革措施中强调：“科学研究不仅是认真贯彻教学改革，全面实现教学计划，提高教学质量，培养研究人才的中心环节，而且有助于国家建设。高等学校如不开展科学研究，就丧失了前进的动力。”会议要求：“综合大学应特别重视科学研究工作，以提高教育质量，提高学术水平，并与各研究机构和业务部门密切合作，以解决社会主义建设中所发生的各种重要的理论和实际问题。”这次会议不仅对综合大学，对其他高等学校研究都有所推动。据不完全统计， 1953 年底至 1954 年秋，开展科研工作的学校已有 52 所，约占当时高校总数的 1/3 ，研究项目共有 3380 项。
1954 年 3 月 8 日，中共中央在对中国科学院党组报告的批示中提出： “全国各高等学校集中了大量的科学研究人员，为发挥这一部分力量，为提高高等学校教学的科学水平，必须在高等学校开展科学研究工作。高等教育部应当从现在起，在与教学工作相协调的前提下，有步骤地积极地推动和组织这项工作。”中央这个批示，对高等学校科学研究有很大推动。从 1954 年秋到 1955 年秋，开展科研的已有 98 校，约占当时高校总数的 1/2 ；进行的研究项目有 9248 项；参加科研的教师 10590 人，占教师总数的 27.3% 。据北京大学统计， 1954 — 1955 学年全校有 270 多名教师参加约 300 个专题的研究。但那时高校没有专门的科研经费，科学研究经费或从专业设备费、机要专业开办费中解决一些，或者依靠协作单位支持。
1956 年 3 月，国务院成了科学规划委员会，领导编制了 1956 — 1967 年科学技术远景规划纲要（草案）（简称“十二年规划”）。其中提出了我国科学研究工作的体制：“我国统一的科学研究工作系统，是由中国科学院、产业部门的研究机构、高等学校和地方研究机构四个方面组成的。在这个系统中，科学院是学术领导核心，产业部门的研究所和高等学校是两支主要力量，地方研究机构则是不可缺少的助手。” 这就在国家层次上明确了高等学校在国家科学研究体系中的地位 ，即高等学校是国家科研体系中的两支 主要力量 之一。纲要（草案）还提出：“必须重视高等学校内的巨大科学力量，鼓励并组织高等学校的教师积极参加科学研究工作。高等学校中研究力量较强的教研室和实验室，应独立担当重要的科学研究任务，应经常接受产业部门和科学院所委托的研究任务。”“必要时，高等学校中可以成立独立的研究室。”“还应鼓励产业部门和科学院把规模较小的研究机构附设在高等学校里面。”
根据国家统计局和中国科学院编印的《全国科学研究机构调查资料》， 1956 年全国研究机构和高等学校共有科学技术人员 77771 人，其中高等学校 58346 人，占 78% ；科学院 4808 人，占 6% ；高级科学技术人员共 9879 人，其中高等学校 7895 人，占 80% ；科学院 605 人，占 6% 。可见，当时高校的科研队伍已经相当壮大，已经成为国家科技队伍中的主要力量。
高等学校虽有较大科学力量，但仍无科研经费，研究工作难以有较大发展。
1957 年 3 月，全国宣传工作会议期间，高教部党组提出了《对科学研究工作的方针和体制的意见》上报。该《意见》对科学研究工作的方针、体制、高等学校科学研究的地位、高等学校同科学院和产业部门的分工合作等四方面，提出了系统的意见。还阐述了高等学校必须而且可能成为一般基础和应用科学研究中心的理由。强调指出：“第一，必须在高等学校发展科学研究才能保证培养干部的质量；第二，高等学校的科学领域极其广阔，其中各部门又是密切联系，相互为用，特别在发展边缘性学科方面，比任何单科研究单位具有更多的优越性；第三，在高等学校进行科学研究，扩大科学队伍，最为经济。高等学校有庞大的师生队伍，容易形成科学集体。青年多，富于朝气，对新事物敏感，离开了青年人，科学家容易衰老。还可以充分发挥人力物力作用，同一份人力，同一份设备，同一基建，既进行了科研，又进行了教学，既发展了科学，又培养了干部，一举两得；第四，高等学校分布在全国各个地区，与当地的经济、文化、地理、历史、民族有着长期密切的联系，因而形成各高等学校有其不同的学术传统、学术特点和发展方向，有利于科学网的分布能够比交平衡；第五，高等学校历来就是科学家生长的园地和文化遗产的宝藏。发展大学的科学研究工作也是国际共同经验。”
1958 年开始的“大跃进”，高等学校科研工作也掀起了一个高潮。许多有重要意义的项目，是在这个时期上马或扩大规模的。如北京大学在生物化学的基础研究方面，进行多肽合成、牛胰岛素合成等，就是这时起步，而后与有关单位合作，取得了具有世界先进水平的科研成果 ；南京大学地质系师生于 1957 年开始，对华南花岗岩进行了多年大规模调查和研究，后来获得了国家自然科学二等奖。在技术科学和工程科学方面，北京大学、清华大学的计算机、小型加速器研制，山东大学的晶体生长研究，等等，都是 1958 年开始，而后长期坚持，取得优异成绩的。一些工科大学实行学生结合实际选题，进行“真刀真枪”的毕业设计，如清华大学水利系师生承担了密云水库这样的大型工程项目的科学试验和工程设计工作。
1959 年 11 月，国家科委、教育部和中国科学院联合召开了 首次 全国高等学校科学研究工作会议。这充分体现出国家对高校科研工作的重视程度。会议明确提出：进行科学研究是高等学校的一项重要任务。还确定了高等学校科研工作管理的一些原则。会后，教育部根据会议精神起草了给中央的报告，但因还存在不同意见，未能以三个部门联合名义上报。高校科学研究的有关问题仍然拖而未决。
1960 年 9 月，经国务院同意，教育部建立了高等学校科学技术委员会。其任务是：在制订长远规划、审查年度计划、安排重大科研项目、设置研究机构、组织协作、鉴定和总结推广经验等方面，配合教育部门有关机构进行工作。同时成立经常办事机构——教育部科技办公室，主持教育部直属院校的科研管理工作。这两个机构的设立，使高校科技工作的组织和发展有了进一步的保证。同时，也显示出 高校科技工作在高等教育体制及组织结构中第一次有了明确的、正式的地位。
1961 年 1~2 月间，教育部在北京召开全国重点高等学校工作会议，明确高等学校的基本任务是培养人才，在教学、生产劳动、科学研究三结合中应 以教学为主，生产劳动、科学研究为辅 。由此可见，在教学、生产劳动、科学研究三者的关系中，当时强调的是：教学为主，生产劳动、科学研究为辅的方针。
1961 年，教育部根据中央指示，草拟了《教育部直属高等学校暂行工作条例（草案）》，（即高教六十条）。这个条例对高等学校各方面工作作了明确规定。在强调必须以教学为主，努力提高教学质量的同时，对科研工作也提出了具体要求。强调：“高等学校应该积极开展科学研究工作，以促进教学质量和学术水平提高。”“根据国家的统一安排，经过教育部的批准，学校可以适当承担国家的科学研究任务。高等学校的科学研究工作应该同科学研究机关、生产部门建立必要的联系。高等学校也可以接受有关部门的委托，协助解决某些科学技术问题。分配科学研究任务的部门要负责解决研究需要的条件。” “教师的科学研究时间，应该根据各校的教学任务和科学研究任务来安排，一般可以占全校教师工作时间的 10% — 30% 。”
从以上情况可以看出， 1956 — 1961 年间，关于高等学校的科学研究工作，从中央到有关部门，进行了大量研究和广泛探讨。多年研究探讨的结果，使人们对高等学校科研工作的认识逐步加深，但尚未从根本上统一思想。高等学校科研工作的地位被确定为国家科研体系中的两支主要力量之一，是发展国家科学事业的一个方面军。 而且明确了高等学校的基本任务是培养人才，应当以教学为主，生产劳动、科学研究为辅。
60 年代初期的 1962 年— 1963 年，是高等学校科技工作第一个最好的发展时期。这期间，中央作出了重要决策，使高等学校科研工作纳入了国家计划，这不仅在国家科学规划中得到了反映，而且在国家科学预算拨款中开辟了专门渠道。高等学校开始在我国科学事业中以一个方面军姿态显示其强大生命力。
1963 年以前，高校科研经费在国家财政预算科目中没有专门渠道， 中国科学院和产业部门的独立研究机构可以从国家的科学支出（即科学事业费）或各部门的科学研究经费中得到科研费，唯独高等学校的事业费中不列“科学研究经费”。 高等学校的科学研究经费，一部分是从教育经费中支出的，另一部分是中央各行业部门在部门的经费中支出的，而且多年来科学研究经费一直大幅度下降。在此同时，来自中央各专业部门的科学研究费用，或削减或停止，因此出现了高等学校科学研究经费上巨大的困难。 1962 年 10 月，为落实解决高等学校科学研究经费来源问题，教育部党组向中央报送了《关于高等学校科学研究经费问题的报告》。《报告》说：“国家长远的科学规划和年度计划中分配给高等学校的研究任务，是国家统一安排的任务，所需经费应由国家科委审核后，在国家科学事业费中开支，由教育部管理。” 1963 年 3 月，得到中央文教小组同意和中央科学小组批准。从 1963 年起，财政部开始通过国家科委转拨给教育部直属高等学校科学研究经费。 2000 万元起步，以后逐年增加， 1966 年达 4400 万元。同时，国家计委也批准了每年给教育部直属高等学校一些专职科研人员编制。这标志着 高等学校的科学研究工作从经费等方面开始正式纳入国家渠道 。
